
Ägarlängden kan följas först från mitten av 1500-talet när Christopher Pederzon till Fålköckna omnämns i ett pergamentsbrev från 18 september 1553. År 1560 blev Fållökna sätesgård för Christoffer Persson, kronofogde i Oppunda härad och ägare till all jord i socknen.
År 1593 innehades gården av Martin Kerner och såldes 1601 till hertig Karls gemål, sedermera drottning Christina d.ä., som köpte gården för sina privata medel. Därmed blev Fållökna en av många egendomar som hon förfogade över. Det är inte känt om hon någonsin besökt stället.
År 1612 donerades egendomen till O.H. Wrangel och 1614 till kanslisekreteraren Erik Elofsson (död 1618) vars änka bekräftades om ägare 1623. Därefter vandrade Fållökna genom flera händer och ägdes bland andra av biskopen i Strängnäs, Johannes Mattiae. Gården reducerades, men utbyttes av landshövding Erik Lovisin (död 1693).
Bland Fållöknas senare ägare märks häradshövdingen Jonas Krank (adlad Stiernstolpe 1696). Denne lyckades rädda Fållökna undan reduktionen 1695, eftersom gården som drottning Christinas privata egendom inte kunde anses ha varit kronoegendom. Kranck var gift med Elisabet Osenia (död 1690) och gården ärvdes av äldste sonen och karolinersoldaten Botvid Stiernstolpe, och innehades av släkten till omkring 1770.
År 1788 nämnas S.A. Piper som ägare, 1795 ätten Pantzerhielm och 1816 George Pierre Jennings vilken avled på Fållökna 1836. År 1840 gick egendomen genom köp till landskamreren Carl Oldberg. Hans son lät uppföra de nuvarande byggnaderna 1862. På 1860-talet bestod gården av 1 mantal frälsesäteri med underlydande 1/4 mantal. Oldbergs arvingar behöll gården till 1907.
Fållöknas historia under 1900-talets första hälft präglas av en period där allt färre gårdar kunde försörja sig på jordbruk. Fållökna avstyckades under 1910 då åtta utgårdar och torp såldes. 1946 köptes gården av ingenjören Nils Kylin som sålde ännu mera mark så att bara herrgården och fruktträdgården återstod. Hans släktingar försökte sedan att driva ett sjukhem på Fållökna, med blandad framgång.
1963 förvärvades herrgården av den ekumeniska föreningen Vängården Follökna av Kylins släkt genom en exekutiv auktion. Föreningen drev sedan Vängården Follökna som kursgård, gästhem och sedermera även vandrarhem i östra flygeln.
I oktober 2023 sålde föreningen herrgården till Birgitta Ed, Ulf Kristersson och Göran Thorstenson som inlett renoveringen av flyglarna och det stora huset - det senare hyrs idag av Fållöknastiftelsen för retreatverksamheten.
Stora salongen:

Det nya biblioteket:

Stigen ned längs parkens östra sida, Stillhetens bro och ön är tillgängliga för allmänheten. Kommer man med bil måste den ställas vid naturreservatet Lagnös parkering någon kilometer bort i Fållöknas tomtområde. På ön kan man sedan promenera längs västra strandkanten, till badplatsen, upp på utsiktsklippan och sedan tillbaka förbi kapellet. Fordon som t ex cyklar etc får inte tas ut på ön, och fiske är inte tillåtet (fiskekort för Nedingen gäller inte på ön).
När ön används för retreater och konferenser (se särskilda anslag), kan man inte gå ut på ön utan är välkommen en annan dag.


